Anfibios

Los anfibios de Chile presentan una muy alta proporción de endemismos, la que llega al 72%. Ello se  explica por el hecho de que estas especies han evolucionado en lo que se considera una "isla geográfica". Efectivamente, el Desierto de Atacama, la Cordillera de los Andes y el Océano Pacífico, constituyen barreras, la mayoría de las veces, infranqueables para los anfibios. 
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Esta condición geográfica, sumada a los atributos propios de este grupo, tales como su alta dependencia por ambientes acuáticos, piel permeable y sensible, y baja capacidad de desplazamiento, han determinado que sean el grupo de vertebrados más amenazados en Chile, y el mundo, junto con los peces dulceacuícolas.
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La contaminación de sus ambientes naturales, pérdida de hábitat, introducción de especies invasoras depredadoras, enfermedades emergentes, caza o extracción ilegal de ejemplares y el cambio climático, son los factores involucrados en la problemática de conservación que enfrentan los anfibios actualmente. Debido a esta situación, todos los anfibios de Chile han sido asignados dentro de alguna de las categorías de conservación establecidas en el Reglamento de Clasificación de Especies (RCE, D.S N°29).

Reptiles

Los reptiles, al igual que los anfibios, presentan un grado importante de aislamiento geográfico en Chile, con una alta proporción de endemismos, los que llegan a aproximadamente un 55% de las especies.
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Respecto a su conservación, se describe que las principales amenazas que enfrenta este grupo son la pérdida de sus hábitats, la contaminación, la caza y la extracción ilegal de ejemplares, además de las influencias del cambio climático.

Estudio de anfibios y reptiles

El estudio de los anfibios y reptiles, dentro del marco del sistema de evaluación de impacto ambiental, implica ejecutar técnicas de búsqueda dirigidas para cada taxón en específico, considerar aspectos de sus hábitos y ejecutar medidas preventivas de bioseguridad, tendientes a evitar que los investigadores se transformen en vectores de agentes infecciosos para las poblaciones de anfibios y reptiles.
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Es importante destacar que todo trabajo, que implique manipular estas especies, requiere de una autorización previa emitida por la autoridad, en este caso el Servicio Agrícola y Ganadero (SAG).